Este proyecto surgió como un modelo de culturización y promoción de la educación del cuidado del agua, en donde se  proponía la creación de un recinto que cumpliera la función de difundir estas temáticas en un entorno y ambiente que resultaba afín a este propósito, como lo es Xochimilco y la larga historia lacustre de sus canales.

Dado que el principal protagónico de este museo sería el Agua, la idea conceptual del proyecto se enfocó en  crear un espacio en el que se pudiera dimensionar su real importancia, esto se logró mediante un gigantesco espejo de agua, el cual daba la sensación de que la edificación completa surge de este. Al museo se accede cruzando dos puentes de cristal, el primero lleva a una plaza central, misma que aparenta ser una isla en medio de este cuerpo de agua y  el segundo conecta a la plaza central con el edificio. Te recibe un enorme volumen con una fachada de vitral, cuyo diseño evoca las ondulaciones del agua cuando se arroja una piedra en ella. En ambos costados del edificio principal surgen dos volúmenes que constan de unas cascadas, cuyo sonido  remite a la presencia  del agua conforme uno se acerca  al acceso del museo. Además, están cubiertos por vegetación a excepción de su parte media en donde se encuentran unos amplios vitrales que iluminan el área de rampas y escaleras. El proyecto contemplaba áreas de exposiciones permanentes, exposiciones temporales, cafetería, áreas administrativas,  ludoteca y  biblioteca.